Шетлендские пони являются одной из самых древних пород лошадей. Во времена палеолита в северо-восточной Шотландии встречались табуны лошадей типа шетлендских пони.
Предполагается, что шетлендские пони происходят от мелких британских домашних лошадей кельтского происхождения.
Причиной малого карликового роста шетлендских пони явились крайне неблагоприятные климатические условия, особенности почвы и обособленность Шетлендских островов, повлекшие за собой естественный отбор на малый рост, сочетающийся с исключительной устойчивостью и конституциональной крепостью. Формирование породы
Вначале за пределами островов шетлендские пони значения не имели. Только в середине 19 века произошло значительное их распространение в Англии и Шотландии. Животные, из-за своего маленького роста и необыкновенной выносливости широко использовались на подземных работах в угольных и свинцовых шахтах. Благодаря своей неприхотливости, крепкому здоровью, хорошей работоспособности шетлендские пони завоевали признание во многих странах мира.
До 19 века разведение шетлендских пони велось в чистоте, без влияния посторонней крови. Использование шетлендских пони как верховых лошадей для детей явилось одной из основных причин для увеличения их калибра.
В середине 19 века на юге остова Майнланд и на полуострове Сомбрг путем скрещивания шетлендских пони с норвежскими фьордскими жеребцами было создано, так называемое, Сэмбергское отродье. Эти пони, имеющие высоту в холке около 130 см, стали самыми крупными среди шетлендских пони. Примерно в это же время на остове Фитлар было выведено фитларское отродье, восходящее к одному выводному арабскому жеребцу и жеребцу-мустангу "Боливар". Представители этого отродья достигают высоты в холке около 120 см. они сравнительно элегантны, резвы, темпераментны.
Таким образом шетлендские пони подразделились на 2 класса: к классу А (основной базовый тип) относятся животные высотой в холке до 107 см, а к классу Б (облагороженный тип) от 108 до 120 см.